Claude Code 세컨드 브레인: 설정과 검토 워크플로

Claude Code 세컨드 브레인(second brain)은 Claude Code가 안에서 돌아가는 내 노트 폴더예요. Claude Code는 Anthropic의 코딩 에이전트지만, 코드에만 쓰이는 건 아니에요. 파일을 읽고, 파일을 쓰고, 폴더를 검색하고, 명령을 실행해요. Obsidian 볼트를 가리키면 받은 메모를 정리하고, 회의록을 프로젝트 업데이트로 바꾸고, 내가 쓴 모든 것을 바탕으로 질문에 답하고, 노트 사이의 링크를 최신으로 유지할 수 있어요.

채팅 앱과 다른 점은 노트가 곧 기억이라는 거예요. 대화마다 맥락을 붙여 넣지 않아요. Claude가 필요한 걸 디스크에서 읽고, 쓰는 건 무엇이든 내가 가진 일반 마크다운 파일로 남아요. Andrej Karpathy의 LLM 위키(LLM wiki)는 같은 생각을 더 밀고 나간 거예요. 에이전트가 내 자료로 위키 전체를 관리해요.

함정이 하나 있어요. 모든 노트를 개선할 수 있는 에이전트는 내가 기대는 노트를 조용히 바꿀 수도 있어요. 그래서 이 가이드는 구성 방법과 함께, 그만큼 비중 있게 Claude가 바꾼 걸 보고 승인하는 방법을 다뤄요. 지금 바로 쓸 수 있는 git으로, 그리고 Knowtarium으로요.

Knowtarium은 사람과 에이전트가 함께 쓰는 노트를 위한 종단간 암호화 지식 베이스예요. Claude Code는 MCP로 연결하고, Claude가 하는 모든 변경에는 서명이 남고, 누가 바꿨는지 보이고, 되돌릴 수 있어요. 노트마다 누가 썼는지(검토를 켠 폴더에서는 누가 확인했는지도) 보여요. 무료로 시작할 수 있어요. 중간중간 짧은 메모로 Knowtarium이 각 부분을 어떻게 다루는지 적어 두었어요.

Claude Code가 설치되어 있어야 하고(Anthropic 문서 참고), 마크다운 노트 폴더가 필요해요. Obsidian은 없어도 돼요. Claude에게는 폴더만 있으면 돼요.

1. 먼저 스냅숏 찍기

Claude가 무엇이든 건드리기 전에 볼트를 git으로 관리하고 커밋하세요. 이후의 모든 일에 대한 되돌리기 버튼이고, 1분이면 돼요. Obsidian의 레이아웃 파일이 diff마다 끼어들지 않게 .gitignore를 추가하세요.

# Obsidian이 계속 다시 쓰는 파일이에요. diff에 섞이지 않게 빼 두세요
.obsidian/workspace.json
.obsidian/workspace-mobile.json
.trash/
CLAUDE.local.md

2. 볼트에서 Claude Code 시작하기

$ cd ~/Notes                  # 내 볼트$ git init && git add -A$ git commit -m "before Claude"$ claude
> /init

/init은 폴더를 살펴보고 CLAUDE.md 초안을 써 줘요. 코드를 위해 만든 명령이니, 초안은 출발점으로 삼고 아래 규칙으로 다시 쓰세요. 파일이 불러와졌는지는 /context로 확인하세요.

3. Claude가 묻지 않고 할 수 있는 범위 정하기

Claude Code에는 권한 모드가 있어요. Manual 모드에서는 편집할 때마다 먼저 물어봐요. Plan 모드에서는 편집하지 않고 계획만 제안해서, 아끼는 볼트에서 처음 세션을 열 때 잘 맞아요. 모드는 Shift+Tab으로 바꿔요. 권한 모드 페이지에 세션이 어떤 모드로 시작하는지 나와 있어요. 버전과 계정에 따라 달라요.

Knowtarium에서는

권한 모드는 세션 동안 Claude가 무엇을 할 수 있는지 정해요. 나머지는 Knowtarium이 맡아요. Claude를 워크스페이스 하나에, 원하면 일부 폴더에만, 읽기 전용이나 읽기·쓰기로 연결해요. Claude가 하는 모든 변경은 서명되고 클릭 한 번으로 되돌릴 수 있어요. 에이전트는 그 권한을 줬을 때만 지울 수 있고(지운 노트는 기록 보관 기간 동안 Undo로 되살릴 수 있어요), 노트를 내가 확인했다고 표시할 수 없어요. 먼저 승인하고 싶은 폴더에는 검토(“Ask me first”)를 켜세요. 그러면 거기서 Claude의 변경은 나를 기다려요.

(새 탭에서 원래 크기로 열림) (새 탭에서 원래 크기로 열림)

CLAUDE.md는 Claude Code가 세션을 시작할 때마다 읽는 마크다운 파일이에요. 볼트라면 세 가지 질문에 답해야 해요. 볼트가 어떻게 짜여 있는지, Claude가 어떻게 써야 하는지, 무엇을 보고해야 하는지요. Anthropic의 메모리 문서가 중요한 규칙을 알려 줘요.

• 200줄 안쪽으로 유지하세요. 파일이 길수록 컨텍스트를 더 쓰고, 덜 충실하게 지켜져요.
• 지켰는지 확인할 수 있는 지시를 쓰세요(“내 노트를 조심해서 다뤄 주세요”가 아니라 “journal/은 읽기 전용”).
• 현재 우선순위를 적은 노트처럼, 다른 파일은 @path 가져오기로 불러오세요.
• 하위 폴더에 있는 CLAUDE.md는 Claude가 거기 있는 파일을 읽을 때 불러와져요. 그래서 큰 프로젝트는 자기만의 규칙을 가질 수 있어요.
• git에 넣고 싶지 않은 개인 메모는 CLAUDE.local.md에 두세요.

# 이 볼트
 
Obsidian으로 관리하는 개인 노트예요. 일반 마크다운, 위키링크.
 
## 구조
- inbox/: 막 적어 둔 메모. 정리한 다음 밖으로 옮겨요.
- projects/: 진행 중인 프로젝트마다 폴더 하나, README.md 포함.
- areas/: 계속 이어지는 주제(건강, 돈, 일).
- journal/: 내 데일리 노트. 읽기만 하고 절대 고치지 않아요.
- archive/: 끝난 프로젝트. 건드리지 않아요.
 
## 쓰는 방법
- 내 표현을 살려요. 내가 부탁하지 않으면 다시 쓰지 말고 덧붙여요.
- 새 노트에는 frontmatter를 붙여요: type, created, source.
- 사실을 적을 때는 그 사실이 나온 노트나 URL을 링크해요.
- 사람은 [[First Last]], 프로젝트는 [[Project Name]]으로 링크해요.
 
## 작업이 끝날 때마다
- 만들거나 바꾸거나 옮긴 파일을 나열해요.
- log.md에 한 줄을 남겨요: 날짜, 한 일, 어떤 파일.
 
지금의 우선순위: @context/now.md

“내 표현을 살려요”와 “바꾼 파일을 나열해요”는 사람들이 첫날 써 둘걸 하고 가장 자주 아쉬워하는 두 줄이에요. 첫 번째는 Claude가 노트를 다듬다가 내 목소리를 지워 버리지 않게 해요. 두 번째는 검토를 가능하게 해요.

중요한 규칙은 강제 규칙으로

문서에는 CLAUDE.md가 강제되는 설정이 아니라 컨텍스트라고 분명히 적혀 있어요. Claude가 따르려고 애쓰지만 보장은 없어요. 절대 바뀌면 안 되는 폴더라면 볼트의 .claude/settings.json에 거부 규칙을 추가하세요. Edit 규칙은 Claude의 파일 도구와 흔한 셸 명령에는 적용되지만, 스크립트가 직접 파일을 여는 경우는 막지 못해요. 그러니 최후의 안전장치로 git을 두세요.

{
  "permissions": {
    "deny": ["Edit(/journal/**)", "Edit(/archive/**)"]
  }
}

Claude Code에는 두 종류의 메모리가 있고, 각각 어디에 있는지 알아 두면 도움이 돼요.

Claude에게 “나는 금요일마다 청구서를 검토한다는 걸 기억해 주세요”라고 하면 자동 메모리로 가요. “이걸 CLAUDE.md에 추가해 주세요”라고 하면 파일로 가요. /memory는 둘 다 보여 주고 열어 줘요.

세컨드 브레인이라면 중요한 컨텍스트는 볼트 안에 두세요. 거기서는 내가 읽을 수 있고, git이 추적하고, 모든 에이전트가 볼 수 있어요. 이번 주 우선순위를 적고 CLAUDE.md에서 불러오는 작은 context/now.md가 긴 메모리 파일보다 더 많은 일을 해요. 월요일마다 직접 고치거나, Claude에게 초안을 부탁하고 다른 변경처럼 검토하세요.

가치의 대부분은 몇 가지 되풀이하는 일에서 나와요.

• 받은 메모 정리. Claude가 메모마다 어디에 속하는지 제안하고, 내가 승인하면 노트를 옮기고 링크를 걸어요.
• 회의록을 프로젝트 업데이트로. 녹취록을 붙여 넣거나 끌어다 놓으면, Claude가 요약을 쓰고, 프로젝트 README를 고치고, 남은 할 일을 나열해요.
• 노트에게 묻기. “가격 페이지에 대해 내가 무엇을 결정했고, 이유는 뭐였나요?” 답할 때 참고한 노트를 링크해 달라고 하세요.
• 주간 회고. 한 주의 일지와 프로젝트 노트를 읽고, 원본은 고치지 않은 채 회고 노트 초안을 써요.
• 링크 관리. 고아 노트, 깨진 링크, 서로 링크해야 할 노트를 찾아서 고칠 방법을 목록으로 제안해요.

되풀이하는 일은 스킬로 만드세요. 스킬은 .claude/skills/<name>/ 안의 SKILL.md 파일이에요. /<name>을 입력해서 실행하고, 요청이 스킬의 설명과 맞으면 Claude가 알아서 쓰기도 해요. CLAUDE.md와 달리 스킬은 쓸 때만 불러와지니까, 자세한 절차도 나머지 시간에는 비용이 거의 들지 않아요.

---
description: 받은 메모함을 정리해요. 내가 '인박스 정리'나 '분류'라고 하면 써요.
---
 
inbox/ 안의 노트마다:
1. 어디에 속하는지 정해요: 프로젝트, 영역, 아니면 휴지통.
2. 무엇이든 옮기기 전에 계획을 표로 보여 줘요.
3. 내가 승인하면 노트를 옮기고, 프로젝트나 영역의
   README에서 링크를 걸어요.
4. 노트는 절대 지우지 않아요. 버릴 것은 archive/inbox-rejects/에 둬요.
5. 건드린 파일을 모두 나열해요.

Knowtarium에서는

어떤 일이든, Claude가 쓰거나 고친 노트는 열어 볼 때까지 사이드바에 표시되고, 변경 내용과 Undo가 클릭 한 번 거리에 있어요. 링크 관리에서는 아직 아무도 쓰지 않은 노트로 가는 링크가 그래프에 유령 노드로 보여요. Claude가 각주 인용이 달린 노트를 쓰면, Knowtarium에서 인용을 가리켜 그 주장 뒤의 출처를 볼 수 있어요.

(새 탭에서 원래 크기로 열림) (새 탭에서 원래 크기로 열림)

볼트에서 알아 두면 좋은 내장 명령이에요.

몇 주가 지나면 Claude Code 세컨드 브레인에는 내가 직접 쓰지 않은 노트와, 내가 썼지만 그 뒤로 Claude가 고친 노트가 생겨요. 어느 쪽이든 괜찮아요. 어떤 게 어떤 건지만 안다면요. 흔한 문제는 이래요.

• 정리 한 번에 노트가 Claude의 말투로 다시 쓰이고, 정작 중요했던 단서 하나가 빠져요.
• 요약에 원래 노트에는 없는 날짜나 숫자가 들어가요.
• Claude가 셸 명령으로 파일을 옮겼는데 링크를 고친 게 없어서, 옮기기가 링크를 깨뜨려요.
• 한 노트에서 사실을 고쳤는데, 다른 세 노트에는 여전히 예전 내용이 있어요.
• Claude가 몇 달 전에 쓴 노트가 내가 어제 확인한 노트만큼 자신 있게 읽혀요.

Claude Code의 /rewind는 세션 안에서는 도움이 되지만, 체크포인트 문서에 적힌 한계가 있어요. 셸 명령(mv나 rm 같은)으로 바뀐 파일은 추적하지 않고, “버전 관리를 대신하지는 않는다”고 해요. 몇 년씩 간직할 노트라면 세션에 기대지 않는 검토 단계가 필요해요.

기본은 git이에요. 무료이고 지금 바로 쓸 수 있어요. 세션 전에 커밋하고, Claude가 일하게 한 다음, diff를 읽고 승인한 것만 남기세요.

$ git status --short           # Claude가 일하는 동안 바뀐 것$ git diff --stat$ git diff projects/           # 폴더별로 편집 내용 읽기$ git add -p                   # 맞는 것만 덩어리별로 남기기$ git commit -m "inbox triage, reviewed"$ git restore .                # 나머지는 버리기$ git clean -n                 # 남기지 않은 새 파일 미리 보기

몇 가지 습관이 이걸 빠르게 해 줘요.

• 세션 하나에 작업 하나, 작업 하나에 커밋 하나. 파일 4개짜리 diff는 읽기 쉽지만, 60개짜리는 그렇지 않아요.
• 바뀐 파일 목록부터 읽으세요. 부탁한 폴더 밖에서 바뀐 게 있다면 더 꼼꼼히 볼 만해요.
• 새 사실은 그 사실이 인용한 노트나 링크와 대조하세요. 인용이 없는 사실이 의심해 볼 대상이에요.
• 무언가가 정해진 시간마다 볼트를 커밋한다면, 그 커밋에는 내 편집과 Claude의 편집이 섞여요. Claude 세션 앞뒤로 직접 커밋하거나, 나중에 git log -p로 검토하세요.

git은 잊지 않고 커밋했을 때 diff를 보여 줘요. Knowtarium은 기록을 노트 바로 옆에 둬요. Claude가 터미널에서 읽고 싶은 것보다 많이 쓰기 시작하면 저희가 권하는 구성이에요. 노트는 종단간 암호화 워크스페이스 안에 OKF 번들로 있어요. 일반 마크다운이고, frontmatter에 노트마다 누가 썼는지, 누가 확인했는지, 주장이 어디서 왔는지, 언제 낡는지가 기록돼요.

• 모든 변경에 서명이 남고, 되돌릴 수 있어요. Claude의 변경은 바로 저장되고 Claude 자신의 키로 서명돼요. 사이드바의 점이 Claude가 고친 노트를 열어 볼 때까지 표시하고, 제목 아래 줄이 언제 바뀌었는지 알려 주며 변경 내용으로 이어지고, Undo가 이전 버전을 되살려요. 기록은 내가 정한 기간, 하루에서 1년까지 모든 버전을 보관해요.
• 원할 때는 검토가 있어요. 워크스페이스나 폴더에 검토(“Ask me first”)를 켜면, 거기서 Claude의 변경은 diff로 내 승인이나 거절을 기다려요. 거기서 한 내 편집은 Claude에게 확인을 부탁할 때까지 기다려요. 예를 들어 “오늘 편집한 것 확인해 주세요”라고 하면 Claude가 연결된 모든 것과 대조해요.
• 노트마다 누가 썼는지. 누가 노트를 썼는지가 노트 맨 위에 있어요. 검토를 켠 폴더에서는 누가 확인했는지도 보이고, 그래프에서 노트를 신뢰 등급(unverified, machine-confirmed, human-reviewed)별로 색칠할 수 있으며, 마지막 변경 이후 나와 에이전트가 모두 확인하면 노트가 완전히 검증된 상태가 돼요.
• 조용히 낡는 건 없어요. Stale and expiring 페이지가 stale_after가 지난 노트와 곧 다가오는 노트를 나열해요.
• Claude는 MCP로 일해요. Knowtarium은 직접 AI를 호출하지 않아요. Claude Code가 npx knowtarium connect로 연결하고, 도구와 함께 규칙을 받아요. 저희는 노트를 읽을 수 없고, Claude는 자기가 읽는 내용을 봐요.

Knowtarium은 무료로 시작할 수 있고, 저장 공간 500MB, 워크스페이스 하나가 주어져요. 저장 공간과 워크스페이스가 더 필요하면 유료 요금제 Starter(월 US$5.99) 및 Pro(월 US$11.99) 중에서 고르면 돼요. Obsidian 볼트를 워크스페이스로 가져오면 쓴 내용은 그대로 둔 채 OKF로 바뀌고, 언제든 전부 일반 마크다운으로 내보낼 수 있어요. 옮기기 가이드를 보고, 두 앱이 어떻게 다른지는 비교 페이지를 보세요.

여기 나온 것 중 Claude Code에만 해당하는 건 없어요. 폴더 안의 파일을 읽고 쓸 수 있는 에이전트라면 무엇이든 세컨드 브레인을 돌릴 수 있어요. 가장 큰 차이는 지침 파일의 이름이에요.

• Codex는 ~/.codex와, git 루트부터 시작한 위치까지의 폴더에서 AGENTS.md를 읽어요. 기본값으로 합쳐서 32 KiB까지예요(Codex 문서).
• Cursor도 .cursor/rules 파일보다 간단한 대안으로 AGENTS.md를 읽어요(Cursor 문서).
• Claude Code는 최근 버전에서 CLAUDE.md가 없으면 AGENTS.md를 읽어요. 어디서나 통하는 구성은 규칙을 AGENTS.md에 두고, CLAUDE.md는 @AGENTS.md 한 줄에 Claude 전용 내용만 더하는 거예요.

그러면 모든 에이전트가 같은 볼트 규칙을 따르고, git에서든 Knowtarium의 기록에서든 같은 검토로 모두를 잡아낼 수 있어요. 더 자세한 템플릿은 지식 베이스를 위한 AGENTS.md 가이드에 있어요. 결과를 읽을 앱을 고르고 있다면 AI 세컨드 브레인 개요가 더 넓은 그림을 다루고, 더 넓은 패턴을 알고 싶다면 Karpathy의 LLM 위키 아이디어 파일도 읽어 볼 만해요.